Sebastian Baumgarten wurde in Berlin geboren und studierte Opernregie an der Musikhochschule »Hanns Eisler«. Er war Assistent von Ruth Berghaus und Robert Wilson sowie Mitarbeiter von Einar Schleef. Von 1999 -2002 war er Oberspielleiter für Musiktheater am Staatstheater Kassel, wo er vor allem mit seinen Inszenierungen von DIE ENTFÜHRUNG AUS DEM SERAIL, DER ROSENKAVALIER und PARSIFAL große Aufmerksamkeit erregte. An der Oper Luzern inszenierte er LA BOHÈME und Rossinis MOSÈ. Für seine TOSCA in Kassel erhielt er den Götz-Friedrich-Preis für Nachwuchsregisseure. Zwei Spielzeiten lang (2003/05) war er als Chefregisseur für Musiktheater und Schauspiel am Meininger Theater engagiert, wo er u. a. Janaceks JENUFA inszenierte. Es folgten Alban Bergs WOZZECK an der Semperoper Dresden, ONKEL WANJA (Tschechow) am Theater Freiburg, EGMONT (Goethe) am Nationaltheater Mannheim und RICHARD III. (Shakespeare) in Hannover. Am 26. Februar 2006 hatte an der Komischen Oper Berlin Georg Friedrich Händels OREST in seiner Inszenierung Premiere, wiederum mit Charlotte Hellekant (Titelpartie); Thomas Hengelbrock dirigiert.

Als Grenzgänger zwischen Schauspiel und Musiktheater wurde Baumgarten mehrfach ausgezeichnet. Für seine OREST-Inszenierung 2006 an der Komischen Oper Berlin wählten ihn die Kritiker*innen der Fachzeitschrift „Opernwelt“ zum Regisseur des Jahres. 2011 eröffnete er mit Wagners TANNHÄUSER die 100. Bayreuther Festspiele. 2013 war seine Zürcher Inszenierung von Brechts DIE HEILIGE JOHANNA DER SCHLACHTHÖFE zum Berliner Theatertreffen eingeladen.

Sebastian Baumgarten inszeniert an maßgeblichen Opernhäusern und Theatern in Berlin, Frankfurt, Düsseldorf, Zürich, Kopenhagen, Leipzig, Hamburg, Köln, Dresden, Basel und Stuttgart. Seit 2013 leitet er den Studiengang Regie an der Theaterakademie „August Everding“ in München. Mit DANTONS TOD am Residenztheater inszenierte er zum ersten Mal in München.

In der Spielzeit 2021/2022 ist Sebastian Baumgarten am Residenztheater als künstlerischer Leiter für den Film „Bruder Eichmann“ sowie für die gleichnamige Lesung mit Schauspieler*innen des Ensembles verantwortlich.